V rámci archivní sítě České republiky je Archiv Kanceláře prezidenta republiky zařazen mezi specializované archivy. Archiv přebírá, odborně zpracovává a zpřístupňuje písemnosti vzniklé z činnosti Kanceláře prezidenta republiky a Správy Pražského hradu. V rámci organizační struktury Kanceláře prezidenta republiky je archiv součástí odboru spisové a archivní služby.